分子动力学计算

要运行基本的分子动力学计算，请执行以下步骤：

· 选择包含足够大的超级电池的POSCAR 。

· 如果执行连续运行，则将CONTCAR复制到POSCAR或可能在POSCAR文件中提供初始速度。它们是在 Wycoff 立场之后的一个单独段落中写成的。如果没有提供初始速度，则在计算开始时假定为随机速度。这完全没问题，但用户应该知道，由于初始随机速度，从不同计算获得的轨迹很难比较。

· 设置主要INCAR标签：

o IBRION =0：通过将IBRION标签设置为 0启用分子动力学计算。

o POTIM：此标签设置 fs 中分子动力学运行的时间步长。

o NSW：此标签设置分子动力学运行中执行的步骤数。

o TEBEG：如果使用恒温器，请定义分子动力学计算应运行的所需温度。

o ISIF（可选）。

o MDALGO：此标签决定使用哪个恒温器执行分子动力学计算。对于常规分子动力学计算，恒温器由一位数字选择（例如，1 代表 Andersen，2 代表 Nose-Hoover 等）。对于偏置分子动力学、元动力学等，恒温器的选择方式与 VASP 6 或更高版本相同。在 VASP 5.x 中，它由两位数字选择，其中第一个数字对应于类似于常规分子动力学的恒温器，第二个数字对应于分子动力学类型（例如，Andersen 恒温器的 11 元动力学，Nose-Hoover 的 21 元动力学温控器等）。NVE系综是一个特例。通过选择 Andersen 恒温器并设置不与热浴发生碰撞（ANDERSEN_PROB =0）。

o ISIF：在分子动力学计算中，此标签用于选择NVT 系综或NpT 系综（NVE 系综是一个特例！）。对于ISIF =2，体积保持不变并使用NVT 系综。使用此标签可以计算应力张量，因此可以监控压力。对于ISIF =3，应力张量（压力）保持恒定并使用NpT 系综。使用此标签可以计算体积并对其进行监控。

· 决定使用 哪个集成：

o NVT 合奏：设置ISIF = 2。

o NpT 系综：设置ISIF =3。

o NVE 集成：设置MDALGO =1 和ANDERSEN_PROB =0.0。

· 决定使用哪个恒温器（恒温器和整体的组合在表中给出）：

o Andersen 恒温器：设置MDALGO =1。还设置ANDERSEN_PROB >0.0 以控制恒温器的随机更新频率。

o Nose-Hoover 恒温器：设置MDALGO =2。还设置SMASS >0.0 以控制与热浴的耦合。

o Langevin 恒温器：设置MDALGO =3。同时设置LANGEVIN_GAMMA >0.0 来控制摩擦参数。如果使用NpT 系综（通过设置ISIF =3），还必须提供晶格LANGEVIN_GAMMA_L的摩擦系数。

以下恒温器和恒压器的组合是可能的：

汇编

要运行分子动力学计算，必须使用mak-e-file.include 文件中的-Dtbdyn预编译器标志编译 VASP。使用此标签的示例输入如下所示：

CPP = $(CPP_) -DHOST="IFC9_fftw"

          -Dkind8 -DNGXhalf -DCACHE_SIZE=12000 -DPGF90 -Davoidalloc

          -Dtbdyn